หากเป็นอย่างต่อเนื่องและหายดี เยื่อบุของหลอดอาหารสามารถเปลี่ยนเป็นรูปแบบที่ต้านทานกรดได้มากขึ้น หรือที่เรียกว่าหลอดอาหารของ บาร์เร็ตต์ (Barretts esophagus) ซึ่งเป็นภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยในโรคกรดไหลย้อน ดร. อีสต์กล่าว หลอดอาหารของบาร์เร็ตต์ เป็นภาวะที่เยื่อบุหลอดอาหารได้รับความเสียหายจากกรดไหลย้อน ซึ่งทำให้เยื่อบุหนาขึ้นและเป็นสีแดง เมื่อเวลาผ่านไป กรดไหลย้อน ลิ้นระหว่างหลอดอาหารและกระเพาะอาหารอาจเริ่มล้มเหลว ส่งผลให้เกิดความเสียหายต่อกรดและสารเคมีในหลอดอาหาร ในบางคน โรคกรดไหลย้อนอาจกระตุ้นให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ที่อยู่ในหลอดอาหารส่วนล่าง ส่งผลให้หลอดอาหารของ Barrett