ในขณะเดียวกัน CDC มักจะเป็นผู้นำในการตอบสนองอย่างรวดเร็วต่อวิกฤตการณ์ระหว่างประเทศ การระบาดของไวรัสอีโบลาในแอฟริกาตะวันตกเมื่อปลายปี 2557 กระตุ้นศูนย์ปฏิบัติการฉุกเฉิน (EOC) ของ CDC ซึ่งประสานงานการจัดส่งเวชภัณฑ์ ส่งผู้เชี่ยวชาญทางวิทยาศาสตร์ไปยังพื้นที่วิกฤต และฝึกอบรมเจ้าหน้าที่สาธารณสุขในพื้นที่เกี่ยวกับกลยุทธ์ต่างๆ เช่น การติดตามผู้สัมผัส หนึ่งปีต่อมา ศูนย์ควบคุมโรค ได้ตอบสนองต่อการระบาดของไวรัสซิกาทั่วอเมริกาในทำนองเดียวกัน โดยรวมแล้ว ศูนย์ EOC ได้ตอบสนองต่อเหตุฉุกเฉินด้านสุขภาพมากกว่าหกสิบกรณี CDC ยังช่วยในการบรรเทาสาธารณภัย ตัวอย่างเช่น หน่วยงานร่วมมือกับกระทรวงสาธารณสุขของเฮติเพื่อต่อสู้กับอหิวาตกโรคหลังจากเกิดแผ่นดินไหวในประเทศเมื่อปี 2553